Precalentar el horno a 425°F y forrar la bandeja de horno con papel de aluminio para facilitar la limpieza.
Rocía las batatas con media cucharada de aceite de oliva. Ásalas durante 20 minutos o hasta que estén tiernas. Sácalas del horno y resérvalas.
Calentar 1 cucharada de aceite de oliva en una sartén a fuego alto y añadir las coles de Bruselas. Remover de vez en cuando hasta que se caramelicen.
Baja el fuego a medio-bajo y añade la cebolla. Cocínala a fuego lento durante 8 minutos; a continuación, añade el apio y sigue cocinando otros 6 minutos hasta que la cebolla se haya caramelizado.
Suba el fuego y añada los boniatos, la manzana rallada y el tomillo. Salpimentar y seguir cocinando de 3 a 4 minutos hasta que se calienten bien.
Servir caliente inmediatamente y disfrutar.